Crotonyl-CoA在脂肪酸和氨基酸的代谢过程中起着重要的作用。它不仅是细胞能量产生的中间体，还涉及调控特定生物合成途径中的平衡。其代谢过程对细胞的生存及功能有着深远的影响。
例如，在能量代谢中，Crotonyl-CoA可以通过β-氧化转化为乙酰辅酶A。这一过程对于细胞呼吸和ATP生成非常重要。此外，它在赖氨酸和色氨酸代谢中也是不可或缺的部分，这些氨基酸与许多生物活性分子的合成直接相关。