Crotonyl-CoA在生物化学领域的应用非常广泛。它不仅是研究生物代谢途径的重要模型，还被广泛应用于工业发酵和代谢工程中。通过优化Crotonyl-CoA的代谢流程，科学家们可以开发出更高效的生物燃料生产方式。
在未来的研究中，Crotonyl-CoA的功能将可能开发出新的药物，特别是在代谢疾病治疗方面。对Crotonyl-CoA相关通路的深入研究将有助于揭示许多尚未被解开的生命科学之谜。